従来の農林年金は、厚生年金にはない3階部分の給付（職域年金部分）が、2階部分の給付（厚生年金部分）に上乗せして支給されていました。
　しかし、平成14年4月1日に厚生年金と統合したため、統合日以降は、2階部分の給付は厚生年金から支給され、3階部分の給付は「特例年金」として農林年金が支給することとなりました。
　特例年金の給付財源は、厚生年金へ移換金を支払った残りの積立金とその運用収入により賄いますが、農林年金は他の公的年金制度と同様、世代間扶養部分は賦課方式により制度運営を行ってきた関係で、移換金を支払った残りの積立金だけでは財源が不足するため、農林漁業団体に特例業務負担金を負担していただき、特例年金の財源に充てることになりました。
　特例業務負担金を、統合日の前日から引き続き設立されている農林漁業団体から負担していただくこととしたのは、次の理由によります。

① 統合後に農林漁業団体に使用される職員には、負担に対応する反対給付がないこと、統合時加入者に負担させると給付と負担の不均衡が生ずることから、職員から特例業務負担金を徴収することに合理的な理由がないこと。
②統合後に新たに設立される農林漁業団体（合併等を除く）については、統合前の農林年金制度に関与していないので、特例業務負担金を徴収するのは適当ではないこと。
③統合日の前日から引き続き設立されている農林漁業団体については、旧農林年金法の目的は、「農林漁業団体の職員の相互扶助を行いその福利厚生を図り、農林漁業団体の事業の円滑な運営に資すること。」であり、農林漁業団体は農林年金制度の最終利益者であると考えられることから、統合までの受益に見合う負担を求めることには合理的な理由があること。

　特例年金を安定的に支給できるようにするため、ご理解くださいますようお願い申し上げます。

　特例業務負担金は、法律と農林年金の定款により、平成14年4月から平成44年3月までの30年間負担していただくことになっています。

特例業務負担金額は、次の計算式により計算されます。

　特例業務負担金の納付額は、納入告知書のほかに、「特例業務負担金のお知らせ」を発行し、請求額をご案内しています。（このお知らせは、毎月月初に送付します。）
　ただし、請求額に変更のない団体には送付していませんので、毎月10日までに「特例業務負担金のお知らせ」が届かなかった団体は、その月の特例業務負担金額は、前月と同額と判断してください。
　なお、特例業務負担金を前納している団体については、金額の変更の有無にかかわらず、毎月「特例業務負担金のお知らせ」を送付します。

　当月分の特例業務負担金は、翌月末日までに納付してください。 

　特例業務負担金は、その年の4月分から翌年3月分までの１年間分をまとめて納付（前納）することができます。
　前納を希望される場合は、その年の4月10日（10日が土曜、日曜、祝日にあたる場合はその直前の平日）までに、「特例業務負担金前納申込書」を農林年金に提出する必要がありますので、農林年金・管理徴収課（電話03-6260-7808）までご連絡ください。

　特例業務負担金は、特例年金（統合前の職域年金部分）の財源不足を補うために、全額団体に負担していただいており、職員個人の負担はありませんので、年金額に反映されません。

　会計処理上は「法定福利費」として計上してください。
　税法上は「損金」として扱われます。
　退職給付会計基準に基づく債務計上の必要はありませんが、農林水産省令で定める農協、漁協においては、決算書類に一定の注記を行う必要があります。